Mistika Ivana od Križa otkriva svoju logiku križa. Put koji vodi kroz trnje do zvijezda. Zahvaljujući preobrazbi u noći križa, već u ovom životu vjernik dobiva nagradu, zamjenjuje sjetilno uživanje onim duhovnim. No, na putu vrebaju klopke. Iz naopakog uživanja u vlastitim dobrim djelima niče farizejska oholost i težnja za ljudskom hvalom. Stoga Bog one koje voli i uzdiže, ujedno i uči poniznosti.

Mistični put strahotno ponizuje. U tamnoj noći osjetila, mistiku ne ostaje ništa na što bi se mogao osloniti, osim vjere. Vjera mu stavlja pred oči siromašnoga, poniznog i raspetog Krista, ostavljenog na križu čak i od božanskog Oca. Ta muka i taj užas su "čisti duhovni križ" koji mu se pruža.

Krist je u krajnjem poniženju i poništenju na križu učinio ono najveće: pomirenje i sjedinjenje čovjeka s Bogom.

Ponoćna tama vjere, jedini put k transcendentnom Bogu. Mistična kontemplacija, zraka tmine, tajanstvena mudrost Božja koja vodi, ne teoretskom znanju, već nutarnjoj dirnutosti i iskustvu Boga, isprva upravo preko njegove odsutnosti. Jer, istinska je spoznaja Boga ujedno čin samoostvarenja. Makar isprva čistom trpnjom. U toj odsutnosti i pasivnosti začinju se prisutnost i čin. Ako povjerujemo.

Ivan od Križa pjeva o ljubavnom sjedinjenju, pa ipak, upućuje duše da Bogu prepuste sve nadnaravne komunikacije, i da same nastoje biti u tmini vjere, jer je duša naučila i iskusila da sve to nije Bog, i da joj to ne daje Boga sâmog, a da u vjeri ima sve što je potrebno: sâmoga Krista.

Put do ljubavnog sjedinjenja vodi kroz muku i čistilište duše. Duša je previše zarobljena svijetom i svim svjetskim da bi se vinula do Boga. Puna je slabosti, a njih Bog liječi lišavanjem koje se zbiva u "tamnoj noći", prepuštajući volju suhoći, pamćenje ispražnjenju, a sklonosti duše krajnjoj žalosti, gorčini i tjeskobi. Kad "ta božanska kontemplacija navali u dušu s određenom snagom sa svrhom da je ojača i ukroti, ona u svojoj slabosti trpi tako da bi gotovo klonula. Osobito koji put, kad kontemplacija navali nešto snažnije, trpe osjetila i duh kao da su pod ogromnim mračnim teretom." Dok je duša sla­ba i nečista, Božju ruku osjeća teškom i protivnom.

Ono što duša u tamnoj noći najbolnije osjeća, to je možda i gore od agonije u Getsemaniju, čini joj se "jasnim da ju je Bog odbacio i, prezirući je, da ju je bacio u tmine". Ne samo što je izgubila svaku utjehu, ona osjeća Božju srdžbu. Osjeća se kažnjenom i odbačenom i nedostojnom njega, i to zauvijek! "Tamna noć" ima gdjekad predokus pakla. Mnogi koji govore o mistici Ivana od Križa kao da su to smetnuli s uma. Tamna noć, strašnija je nego što se to obično misli! Ali, užas tamne kontemplacije ima i svoju blagotvornu stranu: daje duši svjesno osjetiti njezinu krajnju bijedu. Duša duboko osjeti i strašnu ispraznost svijeta: duboku prazninu i siromaštvo svega naokolo. Ništa joj ne može pružiti ono što joj samo Bog pružiti može. Bačena je "u bijedu nesavršenosti, u su­hoću i nedostatak zamjedaba svojih moći i napuštenost duha u tmini... Kao da nekome obustave ili zaustave zrak da ne diše." Strašno!